A Escola Bartolomeu Perestrelo, inicialmente Escola Preparatória de Bartolomeu Perestrelo, foi criada pela Portaria 561 de 28 de setembro de 1972, ficando instalada na Rua das Mercês, no Funchal. É transferida, em 1976, provisoriamente, para o edifício do Seminário Diocesano do Funchal, na Rua de Santa Luzia, desta cidade. Até ao final da década de oitenta, teve um anexo, na Travessa do Nogueira e nos Louros, sucessivamente, onde eram lecionados os 5.º e 6.º anos do Ciclo Preparatório.
Pela Portaria nº 17/91 é criada a Escola Básica e Secundária Bartolomeu Perestrelo e lecionava, integralmente, no ano letivo de 1991/92, o 2.º e 3.º ciclos. A partir de 1998/99, passou a designar-se como Escola Básica do 2.º e 3.º Ciclos Bartolomeu Perestrelo.
A 6 de outubro de 2004, a Escola Bartolomeu Perestrelo mudou de instalações para um edifício de raiz, situado na rua Bartolomeu Perestrelo, n.ºs 3 e 5, na freguesia do Imaculado Coração de Maria. É constituída por sete pisos, com cerca de cinquenta espaços de ensino, um polidesportivo, ginásio, laboratórios, salas de informática, biblioteca, auditório, cantina e um pavilhão gimnodesportivo.
Atualmente a escola sofreu nova transformação no quadro legal a EB1/PE Imaculado Coração de Maria funde-se com a EB23 Bartolomeu Perestrelo, passando a designar-se EB123/PE Bartolomeu Perestrelo (Portaria 61/2013, de 19 de julho publicada no Joram n.º 95, I série).